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Imaginez, un organe de notre corps qui pèserait autant que le cerveau et contiendrait autant de neurones que lui, un organe essentiel pour notre santé, mais que par méconnaissance nous agresserions quotidiennement. Imaginez que les plus récentes recherches scientifiques nous révèlent à présent son importance et ses implications. Seriez-vous intéressé pour en savoir davantage ?

Le microbiote : ces bactéries qui nous veulent du bien !

L’existence de la flore intestinale est connue depuis plus d’un siècle. En conditions physiologiques, ils s’agit essentiellement de bactéries et de quelques levures. Nous mesurons son importance vitale, lorsque nous la détruisons, par exemple, en prenant des antibiotiques lesquels  provoquent des symptômes diarrhéiques. Cette corrélation symptomatique montre que la flore intestinale est un véritable écosystème au sein de notre organisme et son impact sur notre immunité se révèle capital. Maintenant, les chercheurs affirment que de nombreuses maladies résultent des déséquilibres de la diversité bactérienne ainsi que d’altérations de la paroi intestinale.

Aujourd’hui, on a adopté les termes de microbiote pour ces micro-assistants et on qualifie de microbiome leur environnement, c’est-à-dire la paroi intestinale constituée par les entérocytes, au niveau de la bordure en brosse de l’intestin grêle et les colonocytes au niveau du gros colon.

C’est une façon radicalement nouvelle d’envisager le fonctionnement de notre organisme. On parle de relation symbiotique, puisque ni ces micro-organismes ni leur hôte ne peuvent survivre l’un sans l’autre. Ils interviennent de différentes manières. Ils sont partie prenante de notre digestion puisque sans eux, nous serions incapables de digérer et d’assimiler certains aliments. Ils sont des nettoyeurs qui dégradent certains xénobiotiques, médicaments ou polluants. Ils nous permettent également de synthétiser certaines vitamines et certains neuro-régulateurs. Ils se révèlent même capable de réguler l’expression de certains de nos gènes.

Bien que pesant seulement quelques kilos (de 1 à 5 kg), ils sont très nombreux et diversifiés. On estime que cent mille milliards de microorganismes tapissent, à notre insu, les quelques 400m2 de surface de nos intestins, soit environ dix fois plus que les cellules qui constituent notre « soi ».  Avec l’avènement de la génétique, nous avons pensez que nous étions caractérisés par notre génome, notre ADN, soit environ 20 000 gènes humains. Maintenant, on estime que le génome du microbiote,  avec ses 2 à 20 millions de gènes microbiens, est cent à mille fois plus varié !

D’où viennent-ils ?

In utero, le système intestinal est inactif et stérile, puisque le foetus reçoit ses nutriments via le cordon ombilical. Les études montrent que les premières communautés microbiennes dépendent de la façon dont nous naissons. En effet, les micro-organismes des enfants nés naturellement appartiennent à la flore vaginale de la mère, alors que ceux des enfants nés par césarienne s’identifient avec la flore cutanée maternelle.  Cette différence est à corréler avec la prévalence de certaines pathologies après une naissance par césarienne, comme l’asthme, les allergies, l’obésité ou l’autisme, maladies que l’on lie maintenant aux microbiote intestinal. Tous les mammifères passent à travers le canal de naissance. Il semble que l’apport en micro-organismes soit crucial puisqu’il joue un rôle protecteur pour une variété de facteurs dépendants du microbiote. Ainsi, il seraient essentiel à notre évolution et la façon dont nous venons au monde a un impact immense sur la qualité de notre écosystème intestinal. Ensuite, le microbiote se diversifie avec les apports alimentaires et tout ce que l’enfant portera à la bouche. On considère que la flore est mature vers l’âge de deux ans et demi. Les recherches montrent que la prise d’antibiotiques pendant le 6 premiers mois affecte la diversité de la flore de façon quasi irréversible et augmente de façon significative le risque de devenir obèse à l’âge adulte. Le risque est moindre si la prise d’antibiotiques est plus tardive.

Les micro-organismes de notre microbiote remplissent des fonctions importantes et on sait depuis quelques années, qu’ils ont un lien avec une grande variété de maladies, comme les maladies intestinales inflammatoires, les maladies cardiaques, le cancer du côlon,  la dépression, l’autisme, l’hyper-activité et  l’obésité. L’obésité est un problème majeur qui touche de plus en plus de personnes. Aujourd’hui, on peut dire si vous êtes obèse avec une précision de 90 % en examinant les microbes des intestins, alors que l’analyse de ADN humain, permet de déterminer quelle personne est obèse avec une précision de 60 %.  Cela veut dire que quelques kilogrammes de vos microbes sont plus déterminant pour votre santé que chacun de vos gènes.

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Le microbiote change-t-il avec notre alimentation ?

Les recherches montrent que la composition de la flore s’adapte aux changements de nourriture. Toutefois, en dépit des perturbations qu’on lui impose, cet écosystème fait preuve d’une certaine inertie et garde une « signature » propre à chaque individu. Dès lors, deux stratégies thérapeutiques peuvent être envisagées pour agir sur cette biodiversité: une approche probiotique, où l’on transfère directement dans l’intestin de l’hôte les groupes bactériens que l’on souhaite y introduire et  une approche prébiotique qui consiste à ingérer des composés alimentaires (comme des fibres solubles) qui vont modifier le microbiote.

Les changements d’alimentation peuvent avoir un effet très rapide sur la composition du microbiote : la privation de nourriture lors du jeûne, mais aussi l’apport de protéines ou de fibres solubles dans l’alimentation peuvent modifier la biodiversité des bactéries présentes, et induire une dépense d’énergie plus importante, un stockage des graisses diminué et une sensation de satiété, autant d’effets bénéfiques en cas d’obésité ou de diabète.

Contrairement à ce que l’on pourrait penser, le poids de ce microbiote (1 à 5 kg) ne dépend pas du poids total de l’individu mais de son type d’alimentation.

Certains auteurs classent les bactéries du microbiote en fonctions des substrats qu’elles métabolisent. Ainsi, les deux classes principales sont les bactéries de fermentations, qui métabolisent préférentiellement les hydrates de carbone (sucres) et les bactéries de putréfactions, dont qui métabolisent les protéines, peptides et acides aminés. L’équilibre de ces deux classes est primordial pour notre santé.